海南医科大学目前共有51个社团，这些社团被分为四大类：人文社会类协会、体育类协会、文艺类协会和科技类协会。以下是部分社团的例子：
科技类协会
实用医学协会
针灸推拿协会
计算机协会
医学交流协会
临床技能协会
急救协会
中医养生协会
医学影像协会
文艺类协会
交谊舞协会
书画协会
摄影协会
街舞协会
琼医汉服社
棋艺社
音乐协会
话剧社
桌游协会
梦之光影协会
莘报社
手工社
体育类协会
篮球协会
华武太极协会
武术协会
轮滑社
网球社
人文社会类协会
青年志愿者协会（成立于2008年，由海南医学院有志青年和医疗服务队、艺术团等联合组成，是全国青联团体会员）
海南医科大学的学生可以通过加入这些社团来丰富他们的校园生活，发展个人兴趣和技能。