上智大学提供多个学科的专业，包括但不限于以下领域：
神学专业
哲学专业
历史学专业
日本文学专业
英国文学专业
德国文学专业
法国文学专业
新闻学专业
教育学专业
心理学专业
社会学专业
社会福利学专业
护理学专业
法律专业
国际关系法专业
地球环境法专业
经济学专业
经营学专业
理工学院相关专业，如物质与生命专业、机能与创造专业、信息与传媒专业
外国语学部，包括英语、德语、法语、西班牙语、俄语和葡萄牙语等专业
综合国际学部，包含国际关系论和地域研究等内容
上智大学还设有特色专业，如建筑学科、土木工建科、海洋建筑工学科、机械工学科、精密机械工学科、航空太空工学科、电气工学科、电子资讯工学科等。