商丘市拥有多所高等院校，其中包括专科和本科学校。以下是商丘市的一些主要高等教育机构：
专科院校
商丘职业技术学院
公办全日制综合性高等职业院校
设有多个二级学院和部
2001年成立，是全国百所国家示范性高等职业院校之一
商丘医学高等专科学校
公办全日制普通高等院校
始建于1921年，有百年办学历史
专门培养医学类专业人才
永城职业学院
公办全日制普通高等院校
商丘幼儿师范高等专科学校
公办全日制普通高等院校
本科院校
商丘师范学院
公办全日制普通本科院校
1981年成立，2000年升格为商丘师范学院
2018年成为河南省省级硕士立项建设单位
商丘工学院
公办应用型省属民办普通本科高校
2011年成立，基于原商丘科技职业学院
商丘学院
公办全日制普通本科院校
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