目前实施书院制度的大学包括：
香港中文大学（深圳）：
香港中文大学（深圳）实行了书院制，并设有多个书院，包括逸夫书院、学勤书院、思廷书院、祥波书院、道扬书院、厚含书院以及第七书院。
清华大学：
清华大学为实施“强基计划”而设立了五大书院，这些书院承担着培养拔尖创新人才的任务。
河南科技大学：
河南科技大学围绕书院制改革进行了探讨，虽然具体的书院名称和细节没有详细说明，但可以推断学校正在探索书院制。
西安交通大学：
西安交通大学是内地高校中书院制改革的先锋之一。
复旦大学：
复旦大学自2005年起开始探索书院制，并成立了复旦学院，所有一年级本科新生入学后不分专业，在复旦学院接受1到2年的通识教育。
上海体育大学：
上海体育大学成立了龙云书院，这是全国武术高等教育领域成立的首家书院。
中国科学院深圳理工大学（暂定名，简称深理工）：
深理工在明珠校区建立了曙光书院。
中国人民大学：
中国人民大学优化调整了明德书院、明理书院，并在校本部新组建了新民书院、崇实书院、求是书院，在苏州校区新组建了远见书院，形成了新型书院体系。
这些大学通过书院制度，旨在推进通识教育、培养创新人才，并在一定程度上融合了中西方的教育理念。