上海的大学在多个专业领域都有卓越的表现，具体哪个专业最厉害，这取决于评价的标准和需求。以下是一些在各自领域内表现突出的专业：
上海大学
金属材料工程：在全国研究型专业排名中位列全国第二。
社会学：在全国排名第五。
知识产权：在全国排名第二。
数字媒体技术：在全国排名第四。
档案学：在研究型专业排名中表现突出。
复旦大学
理科最好专业：数学、物理、化学、电子信息工程、计算机软件、生命科学、医学等。
文科最好专业：经济学、公共管理、法学、哲学、新闻传播、文学、历史学、英语翻译、工商管理。
上海交通大学
工科第三名：机械、电气、航海类实力强大。
王牌专业：土木、建筑、车辆工程。
国家级一流本科专业：机械工程、车辆工程、计算机科学与技术等。
上海财经大学
全国最著名的财经类大学：经济学实力全国前十。
华东师范大学
理科最好专业：地理学、数学、光学、生命科学。
文科最好专业：教育学、文学、心理学。
华东理工大学
化工专业：全国最顶尖之一。
上海科技大学
王牌专业：计算机科学与技术、物理学、生物科学、材料科学与工程、电子信息工程等。
根据以上信息，如果以全国排名和学术声誉为主要评价标准，那么复旦大学的理科和文科专业、上海交通大学的工科专业、上海大学的金属材料工程和社会学专业、华东理工大学的化工专业以及上海科技大学的计算机科学与技术专业等都可以被认为是上海最厉害的专业。
建议根据具体专业兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业和学校。