吉布提的高等教育体系包括以下几所大学：
吉布提大学：
成立于2006年1月，是在原吉布提高教中心的基础上建立的。它包含多个学院，如理学院、文学院、经济、法律和管理学院以及工程学院，能够授予学士、硕士和博士学位。
吉布提医学院：
成立于2007年11月，是吉布提的第一所国家医科大学，具有授予医学博士学位的资格。它的主要合作伙伴包括突尼斯、摩洛哥和法国。
此外，吉布提还设有孔子学院，这是吉布提第一所孔子学院，由中国国际中文教育基金会、吉布提共和国国民教育与职业培训部以及四川师范大学共建，于2022年2月7日正式签署协议成立。