昆山市拥有多所高等院校，其中包括：
苏州大学应用技术学院：
由苏州大学举办的全日制本科独立学院，设有多个本科专业，涵盖工学、管理学、艺术学等多个学科门类。
昆山杜克大学：
昆山杜克大学是一所由美国杜克大学与昆山市政府合作创办的中外合作大学。
硅湖职业技术学院：
由著名教育家、建筑学家、美籍华人梁顺才博士于1998年创办的民办全日制普通高校，是江苏省创办最早的民办高校之一。
昆山登云科技职业学院：
提供各类职业技能培训的高等职业学院。
苏州托普信息职业技术学院：
提供信息技术相关专业培训的高等职业技术学院。
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