邳州拥有以下高等教育机构：
江苏省运河师范学校
全称运河高等师范学院，位于江苏省邳州市。
是一所全日制高等师范类学校，也是苏北地区同类学校中唯一的省级“师范生素质教育基地”。
邳州开放大学（原邳州市广播电视大学）
成立于1981年，以市场需求为导向，以能力培养为中心，根据行业需求开设专业和课程。
南京医科大学康达学院邳州临床医学院
与邳州市人民医院合作，深化医教研领域的合作，共同开启医学人才培养与医疗服务创新。
邳州老年大学
遵循老年教育规律，坚持科学办学理念，是全国老年大学标准示范校。
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