南京鼓楼区拥有众多高等教育机构，其中包括但不限于以下几所著名大学：
南京大学- 简称“南大”，是一所历史悠久、声誉卓著的综合性全国重点大学，属于985和211工程的重点支持高校。
南京师范大学- 简称“南京师大”，是首批国家“211工程”重点建设高校，同时也是国家“双一流”世界一流学科建设高校。
河海大学- 是一所重点建设的综合性大学，在水利工程领域享有盛誉。
东南大学医学院- 是东南大学的一个学院，专注于医学教育和研究。
南京医科大学- 是医学教育和科研的重要机构，培养了大量医学人才。
中国药科大学- 在药学教育领域具有重要地位。
南京中医药大学- 专注于中医药学科的教育和研究。
南京工业大学- 是一所多科性工业大学。
南京财经大学- 提供经济学和管理学等领域的教育。
南京艺术学院- 简称“南艺”，是中国最早的高等艺术学府之一。
江苏第二师范学院- 前身为江苏教育学院，是一所公办本科学校。
南京财经大学红山学院- 是南京财经大学下属的独立学院。
鼓楼区是南京市高校最为密集的城区之一，教育资源丰富，拥有多所985和211工程的重点大学。