南京最好的水利专业大学是 河海大学。河海大学是一所拥有百余年办学历史，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。河海大学在水利工程领域具有极高的声誉，被誉为“水利高层次创新创业人才培养的摇篮和水利科技创新的重要基地”。此外，河海大学也是国家“211工程”重点建设、国家优势学科创新平台建设、"双一流"建设以及教育部批准设立研究生院的高校。
河海大学的前身是1915年由近代著名爱国实业家、教育家张謇创办的河海工程专门学校，是中国第一所培养水利人才的高等学府，开创了中国水利高等教育的先河。学校拥有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心。
综上所述，河海大学在水利专业方面的实力非常强大，无论是从学校的办学历史、学科特色、科研成果还是社会声誉来看，河海大学都是南京乃至全国最好的水利专业大学。