福建最好的工程专业大学有以下几所：
福州大学：
在土木工程、交通工程、测绘工程等专业上均表现优异，尤其是土木工程，在2025年排名中位列第一。
厦门大学：
虽然名气较大，但在福建省内，具体到土木工程专业，福州大学更为突出。
福建师范大学：
电气工程专业也很不错，设备和师资力量都很优秀。
华侨大学：
在机械工程等专业上全国排名靠前，机械工程专业全国排名第23，等级4。
福建工程学院：
以工科教育为主，被誉为福建“建筑业的黄埔军校”。
厦门理工学院：
在土木工程、测绘工程等专业上表现不错，尤其在测绘工程上排名第三。
建议根据具体专业选择学校时，可以优先考虑福州大学和厦门大学，这两所学校在多个工程专业上都有很高的排名和声誉。如果更侧重于土木工程，福州大学无疑是首选。对于机械工程专业，华侨大学也是一个非常好的选择。