1959年指定的全国重点大学名单如下：
1. 北京大学
2. 清华大学
3. 哈尔滨工业大学
4. 复旦大学
5. 上海交通大学
6. 上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）
7. 北京医学院（现北京大学医学部）
8. 中国科学技术大学
9. 西安交通大学
10. 中国人民大学
11. 华东师范大学
12. 北京工业学院（现北京理工大学）
13. 北京航空学院（现北京航空航天大学）
14. 北京农业大学（现中国农业大学）
15. 北京师范大学
16. 天津大学
其中，中国科学技术大学于1958年创办于北京，1970年迁往安徽合肥。
此外，1960年南京大学和武汉大学也成为全国重点大学，但它们在1959年尚未被列入名单。
这些大学代表了当时中国高等教育的高水平，经过多年的发展和变革，它们中的许多已经成为了现在的985和211工程大学，即所谓的“双一流”大学。