截至2024年，东京大学和京都大学位列日本国立大学的前两名，而大阪大学位列第三。具体排名如下：
东京大学
世界排名第十九
京都大学
世界排名第三十
大阪大学
世界排名第三十七
泰晤士高等教育世界大学排名中位于第251-300位
软科世界大学学术排名中位于第101-150名
建议：
东京大学在多个排名中均位列日本第一，显示出其在日本的顶尖地位。
京都大学在科学研究方面表现突出，排名也较为靠前。
大阪大学虽然排名第三，但在世界大学排名中表现较为稳定，位于第37位，同时在泰晤士高等教育和软科世界大学学术排名中也有不错的表现。
这些排名综合了多个评价机构的数据，可以作为参考，但具体排名可能会因评价标准和数据来源的不同而有所变化。