敦煌拥有几所高等教育机构，其中包括：
敦煌莫高窟大学
始建于1958年，是中国最早的师范类型大学之一。
本科生约1.8万人，硕士研究生约4.4千余人。
专业涵盖理工科、文史科、经济管理科和师范类等多个领域。
甘肃师范大学
成立于1958年，是甘肃省唯一的省属师范类大学。
校园面积达到48.19万平方米，拥有智慧教室、网络大楼、实验室等设施。
本科生约2.2万人，硕士研究生约3.3千余人。
西北师范大学敦煌学院
成立于2014年，由西北师范大学和敦煌市人民政府共同创办。
提供全日制本科、硕士研究生学历教育。
坐落于敦煌市，占地面积125亩，校舍总面积2.9万平方米。
敦煌市老年大学
成立于2013年，旨在丰富老年人晚年生活，实现“老有所学、老有所乐”。
敦煌大学
是一所筹建中的大学，计划采取敦煌市委、市政府与兰州大学、西北师范大学、兰州文理学院合作办学的方式。
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