昌邑市拥有以下高等教育机构：
昌邑大学：
也被称为五邑大学，位于广东省江门市，是一所重点建设的多科性大学，以工科为主，是广东省高水平理工科大学建设高校，并且是CDIO工程教育联盟成员单位。
潍坊环境工程职业学院：
位于山东省昌邑市，是一所经山东省人民政府批准设立的高等职业院校，环境优美，处于多个国家级战略叠加的经济区。
此外，昌邑市还积极与其他高校合作，例如：
潍坊学院：与昌邑市人民政府签署校地融合发展战略合作协议，推进双方合作发展。
青岛理工大学：昌邑市与青岛理工大学就碱渣处理项目开展了合作对接活动，双方达成初步合作意向。
昌邑市通过这些合作，致力于提升教育质量，推动地方经济社会的发展