曹州地区拥有以下大学：
菏泽学院
前身为1949年创建的冀鲁豫区第二师范学校。
2002年由菏泽师范专科学校、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学合并成立。
占地面积约1400亩，设有21个二级学院，64个本科专业。
在校学生约2.6万名，教职工1640人。
菏泽医学专科学校
前身为1950年创建的平原省卫生学校。
1978年更名为菏泽医学专科学校。
占地面积约1300亩，新校区正在筹建中。
在校学生约15000人，专任教师680余人，附院医护人员600余人。
曹县大学
创办于1898年，是中国第一所县立综合性大学。
属于985/211工程，双二流高校，县办，县乡共建。
曹县科学院大学
依托曹县科学院创办，属于双二流高校。
曹县航空航天大学
创办于222年，为国内历史最悠久的高校之一。
属于985/211工程，双二流高校。
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