日本大学排名偏低的原因是多方面的，主要包括以下几点：
论文被引用数和国际化程度
QS排名中，“论文被引用数”和“国际化程度”是重要的评分标准。由于日本大学大多以日语授课，论文也多以日语书写，这导致在国际化程度和论文被引用数方面不占优势。
教育理念和体制的保守性
日本大学的教育理念和体制相对保守，缺乏国际化水平，这在一定程度上影响了其在国际排名中的表现。
规模和论文输出
日本大学的规模普遍较小，学生和教师人数较少，导致每年发表的论文数量相对较少。此外，日本大学偏重职业训练，学术论文输出不足，且多用日语撰写，向国际刊物投稿的频率较低。
研究能力和资金
与海外大学相比，日本大学在创造研究环境和培养学生及年轻研究人员方面存在资金和财政上的差距，导致研究能力下降。此外，日本国家教育预算占国内生产总值的百分比较低，影响大学的科研经费投入和基础设施建设。
排名指标的局限性
一些国际排名规则存在一定的不合理之处，例如仅限于评议英文论文，或是偏重理科论文的引用次数，使人文社科类专业较多的日本大学处于不利地位。
缺乏国际竞争力
日本大学在招收国际留学生方面相对严格，留学生比例较低，这影响了其国际化程度和国际竞争力。
尽管日本大学在QS排名中表现相对较低，但这并不意味着其教育水平下降。事实上，日本在诺贝尔奖获得者数量、科研实力等方面依然处于世界领先地位。因此，排名结果只能作为参考，不能完全反映一所学校的实际实力。