吉首市的高等院校包括：
吉首大学：
成立于1958年4月，1978年复升为省属综合性大学。吉首大学是湖南省属综合性大学，也是武陵山片区唯一的综合性大学。学校地跨吉首市和张家界市两地办学，校本部位于湘西自治州首府——吉首市。吉首大学是国家民族事务委员会与湖南省人民政府省部共建大学，是湖南省国内一流学科建设高校，入选国家“中西部高校基础能力建设工程”、“卓越医生教育培养计划”。
湘西民族职业技术学院：
是2004年5月经湖南省人民政府批准，教育部备案的湘西自治州唯一一所普通高等职业技术院校。
吉首大学师范学院：
与吉首大学有关联，但为独立院校，有三个专业属于二本。
建议：
如果追求综合性大学的教育资源和学术氛围，吉首大学是首选。
如果考虑职业技能教育，湘西民族职业技术学院是一个不错的选择。
对于希望就读师范类专业的学生，吉首大学师范学院值得考虑。