泰晤士高等教育（Times Higher Education, THE）
2023年度日本大学排名（JUR2023）由泰晤士高等教育和日本教育公司Benesse联合编制，包含271所大学。
2024年日本大学排名中，东京大学位列第一，京都大学位列第二，东京工业大学位列第三，大阪大学位列第四。
QS世界大学排名
2024年日本大学排名中，东京大学位列第一，京都大学位列第二，东京工业大学位列第三，大阪大学位列第四。
2025年QS发布的“Global MBA Ranking”中，名古屋商科大学位列日本第一。
USNews世界大学排名
2024年日本大学排名中，东京大学位列第一，京都大学位列第二，东京工业大学位列第三，大阪大学位列第四。
ARWU（上海交通大学世界大学学术排名）
2022年泰晤士高等教育世界大学排名中，京都大学位列第61名，东京大学位列第24名。
CWUR（Center for World University Rankings）
CWUR从2012年开始发布全球大学排名，但其在日本的排名信息较少且权威性有待验证。
这些排名机构通常会根据不同的评价标准和方法来编制排名，包括教学质量、研究能力、学术声誉、国际化程度等多个方面。建议在选择留学或投资日本大学时，可以综合考虑多个排名机构的数据，以获得更全面的了解。