崇明岛上的高等教育机构包括：
上海外国语大学贤达人文经济学院崇明校区：
成立于2004年，是一所全日制本科独立学院，以语言和经济类专业为主。
上海大学崇明校区：
作为上海市高等教育示范区之一，集教育、科技创新、文化旅游于一体。
东华大学崇明校区：
作为大学城的一部分，提供多样化的教育课程。
上海海洋大学崇明学院：
提供海洋相关专业的教育。
上海电机学院崇明学院：
提供电机工程相关专业的教育。
上海电视大学崇明分校：
位于崇明区城桥镇，是当地唯一的大学。
华东师大崇明生态研究院：
由华东师范大学牵头，协同其他高校和崇明区政府共同建设，专注于生态研究。
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