东京地区拥有众多著名的大学，以下是一些知名的大学列表：
国立大学
东京大学：日本首屈一指的综合性国立大学，也是日本七所旧帝国大学之一。
一桥大学：专注于社会科学的顶尖国立大学，以商科著称。
东京工业大学：以工程技术与自然科学见长，是日本顶尖的研究型大学之一。
东京医科齿科大学：专注于医学和牙科的国立大学，牙医学部在日本享有盛誉。
御茶水女子大学：以女性教育为主的国立大学。
东京海洋大学：专注于海洋科学的国立大学。
东京外国语大学：专注于语言教育的国立大学。
东京学艺大学：以师范教育为主的国立大学。
电气通信大学：以电子通信工程为主的国立大学。
首都大学东京：东京都唯一的都立大学。
公立大学
早稻田大学：世界著名的私立研究型综合大学，由大隈重信创立。
庆应义塾大学：历史悠久的私立大学，以商科和文科著称。
明治大学、 中央大学、 青山学院大学：均为日本历史悠久且享有盛誉的私立大学。
私立大学
上智大学、 东京艺术大学、 东京理科大学、 法政大学：都是东京地区知名的私立高等教育机构。
以上列表并不全面，东京地区还有超过100所私立大学和短期大学。这些大学中有些在特定领域具有很高的国际声誉，如东京大学在多个国际大学排名中均位居前列