日本东京地区拥有众多著名的大学，以下是部分知名的东京大学列表：
东京大学（The University of Tokyo， 简称东大）
综合性国立研究型大学，位于东京都文京区。
东京工业大学（Tokyo Institute of Technology， 简称东工大）
专注于工程技术与自然科学的研究型大学，位于东京都目黑区。
庆应义塾大学（Keio University）
私立大学，位于东京都新宿区。
早稻田大学（Waseda University）
私立大学，位于东京都新宿区。
一桥大学（Hitotsubashi University）
私立大学，位于东京都千代田区。
东京医科齿科大学（Tokyo Medical and Dental University， 简称TMDU）
国立大学，位于东京都文京区。
东京外国语大学（Tokyo University of Foreign Studies， 简称TUFS）
国立大学，位于东京都新宿区。
东京海洋大学（Tokyo University of Marine Science and Technology， 简称TUMSAT）
国立大学，位于东京都江之岛。
明治大学（Meiji University）
私立大学，位于东京都千代田区。
中央大学（Chuo University）
私立大学，位于东京都新宿区。
以上列举的只是东京地区众多大学中的一部分，东京还有其他的国立、公立和私立高等教育机构。