南通大学本科专业目录包含多个学科门类，具体如下：
1. 文学类
汉语言文学
广播电视学
历史学
2. 理学类
化学
生物学与生物化学
物理学
3. 工学类
机械工程及自动化
电气工程及其自动化
能源与动力工程
材料成型及控制工程
信息与计算科学
软件工程
土木工程
建筑环境与能源应用工程
城乡规划与管理
交通运输
物流管理
工商管理
旅游管理
4. 医学类
临床医学
公共卫生与预防医学
基础医学
药学
护理学
5. 艺术学类
音乐与舞蹈学
美术学
6. 经济学类
国际经济与贸易
电子商务
7. 管理学类
市场营销
人力资源管理
物流管理
8. 教育学类
体育教育
学前教育
特殊教育
思想政治教育（师范）
9. 法学类
法学
10. 历史学类
历史学
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