机械电子工程专业最好的大学包括：
哈尔滨工业大学：
全国最早创建的机械电子工程专业之一，985双一流211高校，在机器人技术、自动化装备等方面研究成果显著。
清华大学：
在机械电子工程领域表现突出，排名靠前。
华中科技大学：
教学和科研方面成绩不错，拥有多个国家级和省部级科研平台。
西安交通大学：
机械工程学科历史悠久，师资力量强大，教学质量高。
北京理工大学：
以军工为特色，在武器装备、机器人等领域有深厚的技术积累。
浙江大学：
中国最早从事机械科学研究和人才培养的单位之一，机械电子工程专业是国家重点学科。
广东工业大学：
在华南地区具有较高的知名度，注重实践教学。
重庆大学：
首批国家特色专业建设点国家重点学科。
西北工业大学：
陕西省一流建设专业国家重点学科。
江苏大学：
国家级一流本科专业“十二五”重点专业。
建议根据个人兴趣、研究方向和地域需求，综合考虑这些大学的优势和特色，选择最适合自己的学校。