日本在土木工程领域最好的大学有以下几所：
东京大学：
东京大学在土木工程专业的教育与研究方面具有极高的声誉，其在土木工程的全球和国内排名中均表现优异。
京都大学：
京都大学同样在土木工程领域享有很高的声誉，其教师团队和教育质量都非常高。
东京工业大学：
东京工业大学在理工科综合大学中表现突出，尤其在工程技术与自然科学研究方面，土木工程专业也享有很好的声誉。
东北大学：
东北大学在土木工程领域也有很好的表现，属于旧制7所帝国大学之一。
大阪大学：
大阪大学在土木工程的研究方面，特别是地球基盘工学、社会基盘工学、建筑工学等方面有显著的研究成果。
北海道大学：
北海道大学也是一所实力雄厚的综合性大学，在土木工程领域有一定的影响力。
名古屋大学：
名古屋大学在土木工程领域同样表现优秀，属于旧制7所帝国大学之一。
这些大学在土木工程专业的教育、研究和实践方面都有很高的水平，建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的大学进行深入学习。