石溪大学（Stony Brook University）的合作大学包括但不限于以下几所：
1. 普林斯顿大学（Princeton University）
2. 芝加哥大学（University of Chicago）
3. 斯坦福大学（Stanford University）
4. 加州大学（University of California）
5. 罗马第一大学（Università degli Studi di Roma "La Sapienza"）
6. 诺维萨德大学（University of Novi Sad）
7. 纽约州立大学系统中的其他分校
8. 特伦托大学（Università degli Studi di Trento）
9. 俄罗斯联邦政府直属财政金融大学
10. 圣彼得堡经济大学（Saint Petersburg State University）
11. 贝加尔大学（Baikal University）
12. 法国里昂第三大学（Université de Lyon 3）
13. 雷恩商学院（École de gestion de Rennes）
14. 日本大分大学（Oita University）
15. 冰岛大学（University of Iceland）
石溪大学还与国内的安徽大学合作，开办了“安徽大学纽约石溪学院”，提供应用物理学、应用统计学、数字媒体技术等专业的本科教育。