南通职业大学的科室部门包括以下几类：
校团委部门
团务综合管理中心：负责宣传党团各项方针政策，了解团员青年的思想动态，协助校团委各部门做好基础团务工作，协调各级团组织开展系列活动，丰富校园文化生活。
基层事务部：负责承办、协办校团委各类会议，对接各学院团总支，协助开展团员管理工作，包括团员身份认定、新团员发展接收等，以及协助开展相关表彰评优工作。
组织建设部：协助校团委开展基层团组织建设工作，如“智慧团建”系统管理，团支部组织化专题学习，团员民主教育评议，团员先进性评价，开展团课、主题团日活动、党团知识竞赛等，传达上级团组织的任务要求，监督和组织团的基层组织建设工作。
网络宣传部：负责在新媒体账号上更新、宣传团委相关工作内容以及时事热点，管理校团委微信公众号，制作相关活动推文、海报、视频，开展职大青年说、信仰公开课等系列微主题团课。
社团管理部：连接校团委和学生社团的重要枢纽，面向在校广大师生，组织开展校园各类文艺活动。
行政部门
财务处：学校唯一的一级财务机构，负责统一管理全校的财会工作，包括筹集事业资金，编制学校预算，管理和控制预算执行过程及预算绩效。
职能处室
校办公室：负责学校日常行政事务的协调和处理。
教务处：负责教学管理工作，包括课程安排、教学质量监控、学生成绩管理等。
人事处：负责人力资源管理工作，包括教师和员工的招聘、培训、考核、职称评审等。
学生工作处：负责学生日常管理和思想教育工作，包括学生公寓管理、奖助学金评定、心理健康辅导等。
科研处：负责学校的科研管理工作，包括科研项目申报、经费管理、成果推广等。
后勤服务部门
后勤处：负责学校的后勤保障工作，包括餐饮、住宿、物业、医疗等服务的管理和维护。
这些科室部门在学校的管理和运行中发挥着重要作用，确保学校的教学、科研和行政工作顺利进行。