日本的大学在多个专业领域都有卓越的表现，而最厉害的专业则 取决于具体的专业和排名标准。以下是一些在特定领域内被广泛认为是最厉害的专业及其相关大学：
物理学
东京大学：东京大学的物理学科在2024-2025年度QS世界大学排名中位居世界第32位，王牌专业是凝聚态物理。毕业生中有多位诺贝尔奖获得者，如朝永振一郎、江崎玲于奈、小柴昌俊、南部阳一郎、梶田隆章和真锅淑郎。
医学
京都大学：京都大学的医学专业在2024-2025年度QS世界大学排名中位居世界第50位。毕业生中有利根川进、本庶佑和山中伸弥等诺贝尔奖获得者。该专业以严格的学术训练和卓越的临床实践闻名，在癌症研究、再生医学和传染病等领域具有突出的研究成果。
基础工学、人际学和社会学
大阪大学：大阪大学在基础工学、人际学和社会学方面表现突出。基础工学涵盖工程学技术、开发基本技术，人际学以行动学、心理学为主，社会学以人类学、社会学为主。此外，教育学也是大阪大学的优势专业。
计算机科学
会津大学：会津大学是日本第一所也是唯一一所专注于计算机科学研究的大学，毕业生有极高的市场需求和薪资待遇。计算机类专业包括计算机科学、软件工程等。
理工科
东京工业大学：东京工业大学以工程技术与自然科学研究为主，是日本超级国际化大学计划A类顶尖校之一。在理工科领域，东京工业大学拥有世界一流的学科和研究实力。
经济专业
一桥大学：一桥大学在经济学、法学、政治学等领域有着非常高的水平，培养出了众多政商界领袖。该校是纯文科学校，在人文社科领域实力很强。
动漫专业
日本有多所大学和专门学校专注于动漫专业，如东京艺术大学、京都精华大学等。这些学校在动漫制作、动画设计、游戏设计等领域具有很高的声誉。
选择哪个大学的专业，建议根据个人兴趣、职业规划以及学术和职业目标进行综合考虑。同时，可以参考各大学的排名和专业实力，以及毕业生的就业情况和研究成果。