苏州大学最好的硕士专业包括：
神经科学与行为科学：
该专业是苏州大学的国家级重点学科和国防科工委重点学科，并且进入全球ESI前1%。
软件工程：
软件工程是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业、江苏省优势学科。苏州大学软件学院还被评为国家级特色化示范性软件学院，拥有完整的培养体系。
生物科学：
生物科学专业的研究领域涵盖生物化学、分子生物学、微生物学等，科研能力强，实践技能突出，毕业生在医药、生物技术等领域就业前景好。
医学专业：
医学专业包括临床医学、基础医学、药学等方向，教学质量和科研成果在国内外享有高声誉，注重理论与实践相结合。
信息与通信工程、材料科学与工程、化学工程与技术、环境科学与工程、生物医学工程：
这些工科类专业在国内处于领先地位，科研实力和就业竞争力强。
管理学、金融学、人力资源管理：
这些商科类专业教学和科研水平高，就业前景广阔。
建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业。例如，如果对人工智能、大数据等前沿技术感兴趣，软件工程可能是一个好选择；如果希望从事医药或生物技术领域的研究，生物科学和医学专业则更为合适。