重庆大学与以下大学有合作关系：
1. 湖北三峡大学 - 签署了《毕业生就业创业工作“一帮一”合作协议》，在就业渠道、指导课程等方面进行合作。
2. 北京大学化学与分子工程学院 - 进行了战略合作，并计划进行更深入的合作与交流。
3. 新加坡国立大学、新加坡南洋理工大学、英国贝尔法斯特女王大学、英国爱丁堡大学、美国西北大学等 - 与重庆大学建立了广泛的国际合作关系，在本科生/研究生项目和国际科研合作方面开展合作。
4. 美国辛辛那提大学 - 合作举办电气工程及其自动化专业本科教育项目。
5. 多个国家和地区的186所高校和研究机构 - 与重庆大学建立了合作关系，包括国家级学科创新引智基地、教育部国际联合实验室等国际合作平台。
此外，重庆大学还是“重庆市大学联盟”的发起单位之一，该联盟由重庆大学、西南大学、中国人民解放军第三军医大学、西南政法大学、重庆医科大学、四川外国语大学等六所高校联合成立