清华大学联办的大学包括：
北京清华长庚医学院：
成立于2009年，是中国首家由清华大学和另一所顶尖大学共同创办的医学院。
香港城市大学：
清华大学与香港城市大学有联合办学项目，提供一年制硕士学位课程。
北京联合大学：
虽然它不是由清华大学直接联办的，但北京联合大学是由包括清华大学在内的36所大学分校联合而成。
清华大学还与其他国际著名大学有合作，例如与美国芝加哥大学、布朗大学、康奈尔大学、约翰霍普金斯大学、埃默里大学、莱斯大学、范德比尔特大学、波士顿大学、匹兹堡大学、佩珀代因大学、雪城大学、乔治亚大学、克莱姆森大学、福特汉姆大学、耶鲁大学、哥伦比亚大学、加州理工学院、麻省理工学院等合作。