大学校企合作专业的缺点主要包括以下几点：
学习动力不足：
由于校企合作专业通常属于定向培养，学生的学习劲头和积极性可能不高。
综合基础知识不全面：
这类专业由于专业技术性很强，可能导致综合基础知识涵盖面不全。
经济问题影响教育：
校企合作容易因经济问题对教育造成影响。
学分互认和教学计划问题：
学分互认存在难度，教学计划的制定权还在学校，导致教学实际与岗位需求存在距离，职业技能鉴定标准滞后。
教育改革不配套：
教学计划的制定和企业对人才的需求标准存在差距，教育改革措施还不配套。
学费较高：
校企合作专业的学费通常比普通专业高，给一些家庭带来经济压力。
教材不完整：
校外课程的教材往往不完整，导致学生学不到实质性的东西。
毕业实习限制：
校企合作的学生需要到指定企业实习一年，有些学生可能不喜欢这种安排，且实习与考研时间冲突。
考研受限制：
校企合作的学生在考研方面可能受到时间上的限制，需要提前规划。
选拔过程严格：
进入校企合作班的学生需要经过层层选拔，包括专门的选拔考试和企业方面的面试。
人数有限：
校企合作班的数量通常较少，能进入的学生相对较少。
综上所述，虽然校企合作专业在实践机会、职业能力培养和就业机会方面具有明显优势，但也存在不少缺点，学生在选择时应综合考虑自身情况和对未来规划的期望。