台湾对大学排名的不满主要来自于几个方面：
排名标准不合理：
台湾当局教育主管部门在排名时使用的SCI（科学论文引用索引数据库）与EI（工程论文引用索引数据库）等指标，没有考虑到SCI与EI收录的期刊存在大量重复，导致统计错误，使得排名结果出现混乱。
排名方法粗暴：
一些学校认为排名方法将不同难度和比重的论文种类进行相加，没有考虑各学校的特质差异性，是一种违反科学精神的粗暴行为。
排名结果争议：
台湾政治大学等学校对排名结果表示不满，指出排名没有合理反映学校的特色和优势学科，例如政治大学在排名中位置较低，与其社会科学和人文科学的特色不符。
排名机构权威性：
排名结果可能因排名机构的不同而有所差异，这可能导致对排名结果的不满和质疑。
“大者恒大”现象：
一些排名将学科“多而全”的大学排在前面，而忽视了省内公认的顶尖学府，如台湾政治大学在“一般大学”排名中位置较低，与公众认知不符。
这些不满反映了台湾社会对大学排名系统的不满和对教育公平性的关注。排名结果可能会影响学生的选择、教师的工作以及学校的声誉，因此，合理的排名标准和透明的排名过程对于维护公众信任至关重要