扬州大学主办的报纸主要有以下几种：
1. 《扬州大学学报》（高教研究版）：该期刊创刊于1997年，是江苏省教育厅主管、扬州大学主办的双月刊。它聚焦于理论性研究论文的发表，并分享高校教学改革实践经验。
2. 《扬州大学学报》（人文社会科学版）：该期刊同样创刊于1997年，是综合性人文社会科学学术刊物。它注重选题，努力反映人文社会科学最新研究成果，并积极为地方经济建设服务。
3. 《扬州大学学报》（自然科学版）：该期刊创刊于1998年，是综合性农业与生命科学学术期刊。它促进农业与生命科学领域的学术交流和研究发展，为广大研究人员提供科研成果的发布和分享平台。
4. 《扬州大学学报·农业与生命科学版》：该期刊致力于发表农业领域的高质量原创研究成果、综述及快报，主要栏目包括动物科学、动物医学、生物技术、园艺、植物保护、食品科学等。
5. 《扬州大学学报·高教研究版》：这是一本有较高学术价值的大型双月刊，面向全国各类高等院校的干部、教师、研究人员和学生，以及各级教育管理部门和图书信息单位的工作人员。
6. 《税收经济研究》：该期刊创刊于1996年，是由中共国家税务总局党校、国家税务总局扬州税务进修学院主办的经济类学术期刊，主要刊发经济类各学科特别是税收科学的最新研究成果。
这些期刊在各自的领域内具有很高的学术价值，为广大研究人员和学者提供了重要的学术交流平台。