南京的研究生大学排名如下：
南京大学
综合类大学，985和211工程院校，工科和理科实力突出。
东南大学
综合类大学，985和211工程院校，工科和理科实力突出。
南京理工大学
国防985和211工程院校，工科类大学，以“兵器科学与技术”著称。
南京航空航天大学
国防985和211工程院校，工科类大学。
河海大学
211工程院校，工科类大学。
南京师范大学
双一流“211”高校，文科教育领域具有较高声誉。
南京农业大学
211工程院校，农业类大学。
中国药科大学
专注于药学领域，具有较高声誉。
南京医科大学
医学专业较为突出。
南京邮电大学
信息通信工程领域有较强实力。
南京中医药大学
中医药专业较为知名。
以上排名根据不同的评价标准和时间可能有所变化，请以最新的官方发布信息为准。