南京的研究生院校排名如下：
南京大学
综合类大学，实力强，尤其在文科和工科领域表现突出。
985、211工程，双一流建设高校。
东南大学
被誉为“建筑老八校”之一，在建筑领域具有高实力。
985、211工程，双一流建设高校。
南京理工大学
工科类大学，以“兵器科学与技术”著称。
985、211工程，双一流建设高校。
南京航空航天大学
以航空航天民航为特色，以理工类为主的综合性大学。
985、211工程，双一流建设高校。
河海大学
以工科类为主，具有多个学科协调发展。
南京师范大学
综合文科类大学，教育领域具有较高声誉。
江南大学
以生命科学和农业科学为优势。
南京农业大学
以农业和生命科学为特色。
中国药科大学
在药学领域具有突出表现。
南京邮电大学
在通信工程等领域有较强实力。
以上排名根据不同的评价标准和时间可能有所变化，请以最新官方发布信息为准。