日本边防相关的教育机构主要是负责培养自卫队干部的机构，其中最著名的包括：
防卫大学校（National Defense Academy of Japan）
位置：位于日本神奈川县横须贺市。
性质：日本省厅大学，负责培养自卫队干部（军官）。
历史：1954年由防卫厅（今防卫省）创设，简称防大。
防卫医科大学
位置：位于埼玉县所泽市的中央部。
性质：日本培养自卫队海、陆、空三军军医/护士的学校。
学制：6年。
规模：每年招收学员80名，总定员480名。
机构：学校直属防卫厅，设有事务局、医学教育部、医院、图书馆和防卫医学研究中心等机构。
特别机构：1996年10月，日本自卫队在防卫大学内设立了防卫医学研究中心，并列为该校的建制单位。
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