南京的软件工程专业大学包括但不限于以下几所：
南京大学
综合性本科大学，双一流、211、985、卓越计划大学。
东南大学
综合类本科大学，双一流、211、985、卓越计划大学。
南京工业大学浦江学院
理工类本科大学，由南京工业大学统一管理。
金陵科技学院
考虑更名为“南京软件科技大学”，在软件工程等领域有优势。
南京软件技术大学
全日制本科高校，以培养高级应用型人才为主。
南京信息工程大学滨江学院
软件工程专业。
南京航空航天大学
计算机科学与技术/计算机应用技术学科。
以上信息根据最近的数据更新整理而来，具体排名和选择还需根据个人情况和兴趣进行选择。