海南大学海洋学院目前拥有以下专业：
水产养殖学- 国家一类特色专业
海洋科学
海洋资源与环境
水生生物学（博士点）
水产学（一级学科硕士点）
海洋生物学（二级学科硕士点）
农业推广（渔业）（专业硕士学位点）
海洋科学（中外合作办学）
法学（中外合作办学）
计算机科学与技术（中外合作办学）
生物技术（中外合作办学）
食品科学与工程（中外合作办学）
数学与应用数学（中外合作办学）
这些专业涵盖了理学、工学、农（水产）学、经济学、管理学、文学、法学、教育学、艺术学等学科门类。其中，水产养殖学和海洋科学专业在全国高校学科评估中表现突出，是海南高校的特色学科。