南京市鼓楼区拥有多所著名大学，其中包括但不限于：
南京大学：南京大学鼓楼校区是南京大学历史最悠久的校区，位于南京市中心区域，与南京市中心鼓楼广场相邻。
东南大学：东南大学医学院位于鼓楼区，是南京著名的985/211高校之一。
南京师范大学：南京师范大学位于鼓楼区，是江苏省内知名的教育机构。
河海大学：河海大学也位于鼓楼区，是中国最早建立的几所工科院校之一。
南京医科大学、 中国药科大学、 南京中医药大学：这些医药类高等教育机构同样位于鼓楼区。
南京邮电大学、 南京工业大学、 南京财经大学、 南京审计学院、 南京艺术学院、 江苏省教育学院、 江苏城市职业学院：这些院校也都在鼓楼区设有校区。
鼓楼区是南京市高校最为密集的城区，教育资源非常发达，拥有众多985和211工程大学