在昆山市内设有分校的大学包括：
昆山杜克大学：
由美国杜克大学和武汉大学联合创办的中外合作办学机构，提供本科及研究生教育。
苏州大学应用技术学院：
苏州大学的独立学院，提供多个本科专业的教育课程。
苏州科技大学天平学院昆山校区：
苏州科技大学的独立学院，位于昆山市。
南京大学金陵学院：
南京大学的附属学院，提供本科教育和继续教育。
东南大学成贤学院：
东南大学的独立学院，进行科研和技术开发工作，同时也承担教育培训任务。
硅湖职业技术学院：
提供各类职业技能教育。
昆山登云科技职业学院：
提供职业技能教育。
苏州托普信息职业技术学院：
提供信息技术相关的职业教育。
解放军外国语学院昆山分院：
提供语言教育和培训。
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