南京历史上有多所大学进行了合并，以下是主要的合并案例：
南京大学与金陵大学合并
1952年，南京大学和金陵大学（包括1951年合并进来的金陵女子文理学院）进行了合并与分解。
合并后，文学院的理科和文学院重新组建了新的南京大学。
中央大学各学院的分解与重组
中央大学的工学院主体重新组建了南京工学院，后来发展成为东南大学。
中央大学工学院的其他部分分别重组为河海大学、江南大学、南京工业大学、南京信息工程等。
中央大学的农学院重新组建了南京农学院，后来发展成为南京农业大学。
师范学院重新组建了南京师范学院，后来发展成为南京师范大学。
林学院重新组建了南京林学院，后来发展成为南京林业大学。
南京晓庄学院与金陵科技学院合并提议
2021年，有网友提议将南京晓庄学院与金陵科技学院进行合并，合并后的高校新校名可以为南京科技大学。
南京晓庄学院、金陵科技学院与江苏第二师范学院合并提议
2022年，有网友建议在江苏教育官网将南京晓庄学院、金陵科技学院和江苏第二师范学院进行合并，打造一所师范类强校金陵师范大学。
这些合并案例体现了南京高等教育资源的整合与重组，旨在提升各高校的学科实力和综合竞争力。