交通大学的轨道交通专业主要包括 轨道交通信号与控制和 交通运输（城市轨道交通）两个专业方向。
轨道交通信号与控制
该专业的历史悠久，最早可追溯至1909年，是交通大学的特色专业。
2010年进入国家首批“卓越工程师计划”并通过首批验收，2017年通过自动化专业类工程教育专业认证，2019年入选首批国家级一流本科专业建设点和北京市重点建设一流专业。
专业课程涵盖电路、信号与系统、模拟与数字电子技术、自动控制原理、现代控制理论等电子信息类课程，以及轨道相关的特色内容。
培养目标包括掌握电子技术、轨道交通信号技术、控制理论，具有铁路通信及信号设备的维护管理以及应用开发技术的高技能应用型人才。
交通运输（城市轨道交通）
该专业主要围绕城市轨道交通系统设计、规划、建设、管理、运营等方面展开。
课程设置包括工科基础课程如物理、数学、化学，以及专业核心课程如城市轨道交通规划与设计、城市轨道交通系统运营管理、轨道交通资产管理与经营、列车运行计算与控制等。
培养目标是为各级交通部门、科研院所、高等学校、咨询机构以及城市轨道交通规划、设计和运营单位培养高层次专业人才。
这两个专业方向均注重理论与实践相结合，强调科教与产教融合，培养具备扎实专业基础和工程实践能力的高层次人才。毕业生可在城市轨道交通相关的企事业单位从事规划、设计、建设、咨询、运营管理等工作，具有广阔的就业前景。