敦煌医学的研究主要在甘肃中医药大学进行。该校依托其前身甘肃中医学院，于1983年成立了敦煌医学研究室，并在次年首次提出了“敦煌医学”的概念。2012年，依托甘肃中医学院建设的敦煌医学与转化教育部重点实验室建成，这是教育部在甘肃批准建设的首个以医药类基础研究与应用基础研究为主的重点实验室。
甘肃中医药大学是甘肃省人民政府与国家中医药管理局共建的高校，具有博士学位授予权，并在敦煌医学研究方面有着深厚的学术积累和研究基础。学校设有多个与敦煌医学相关的学科和研究机构，致力于敦煌医学的学术挖掘、文献数字化、古医方应用基础研究以及成果转化的研究与应用。