吉首拥有以下高等教育机构：
吉首大学
简称“吉大”，是一所省属综合性大学。
成立于1958年4月，1978年复升为省属综合性大学。
拥有本科专业55个，硕士点35个，省级重点学科8个，省部级重点研究基地15个，国家级实验教学示范中心3个，省级重点实验室5个。
在湖南省湘西土家族苗族自治州和张家界市两地办学。
是国家“中西部高校基础能力建设工程”高校、“卓越医生教育培养计划”高校。
校本部位于湘西自治州首府——吉首市。
拥有吉首大学砂子坳校区、吉首大学大田湾校区、吉首大学医学院校区（石家冲校区）、张家界校区、热水抗校区（新校区，张家界学院独立校区）。
湘西民族职业技术学院
是一所专科院校。
提供30多个专业。
招收部分大专生，大多是中专生。
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