印度尼西亚拥有众多知名的大学，以下是部分著名的大学列表：
印度尼西亚大学 （Universitas Indonesia, UI）
世界排名：237位
特色：历史悠久，设有12个学院
加查马达大学 （Universitas Gadjah Mada, UGM）
世界排名：267位
特色：历史悠久，规模最大的高等教育机构之一
万隆理工学院 （Institut Teknologi Bandung, ITB）
世界排名：281位
特色：公立高等院校，设有3个系，21个专业
三圣大学 （Universitas Trisakti）
特色：位于雅加达，是印尼最大的私立大学之一
塔鲁玛迦大学 （Universitas Tarumanagara）
特色：雅加达最大的私立大学之一，以法学、工商管理和建筑专业著称
彼得拉基督教大学 （Petra Christian University）
特色：位于泗水，以华裔子弟为主
普瑞玛大学 （Universitas Prima Indonesia, UNPRI）
特色：位于棉兰，北苏门答腊省最大、最好的私立大学之一
卡渣马达大学 （Universitas Gadjah Mada, UGM）
世界排名：254位
特色：历史悠久，规模最大的高等教育机构之一
以上排名信息基于最近发布的QS世界大学排名，具体排名可能会随着时间而有所变化。