大学农学专业面临的难题主要包括：
兴趣与认知问题
学生可能对农业领域不感兴趣，认为农业工作通常与农村、田间劳作相关联，不愿意从事此类工作。
专业建设经费不足
农学专业需要强大的师资队伍和良好的实践教学基地，但目前经费不足，导致实习和科研条件较差，难以满足现代化农业人才培养的需求。
生源问题
农科专业生源不足，质量较差，部分原因是农业及相关行业相对落后，工作条件艰苦，导致考生尤其是优秀考生不愿选择农科专业。
实践技能不足
涉农专业的教师可能理论知识丰富但缺乏实践经验，学校实验和实践设施有限，影响学生实践技能的培养。
就业出路有限
除了对口升学，农科学生缺乏其他就业选择，这限制了学生的职业发展和专业成长。
教学与评估挑战
农科学生的期末作业和考试可能面临意外损失（如植物被风吹走或被动物破坏），这增加了学习的不确定性和压力。
自考难度
自考农学专业科目多，学习时间不充裕，加之缺考人数较多，对考生来说是一个挑战。
以上问题反映了农学专业在学生吸引力、教育资源、实践条件和就业前景等方面面临的挑战。解决这些问题需要综合性的改进措施，包括增加投入、改善教学设施、提升教师实践技能、拓宽就业渠道等。