集美大学目前共有22个学院，具体包括：
1. 航海学院
2. 轮机工程学院
3. 水产学院
4. 食品与生物工程学院
5. 体育学院
6. 财经学院
7. 教师教育学院
8. 工商管理学院
9. 音乐学院
10. 美术与设计学院
11. 信息工程学院
12. 计算机工程学院
13. 机械与能源工程学院
14. 理学院
15. 外国语学院
16. 法学院
17. 文学院
18. 工程技术学院
19. 继续教育学院（船员培训中心）
20. 海外教育学院
21. 诚毅学院
22. 思想政治理论课教研部
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