自然指数大学排名方法主要基于以下几个指标：
论文计数 （AC）
每位作者所在的国家或机构根据发表的文章获得1个AC分值，不考虑文章的作者数。
分数式计量 （FC）
FC考虑每位论文作者的相对贡献，一篇文章的FC总分值最多为1。
如果认为每位作者贡献相同，则所有作者共享分值。
例如，一篇有十个作者的文章，每位作者的FC得分为0.1。
加权分数式计量 （WFC）
为FC增加权重，以调整占比过多的学科（如天文学和天体物理学）的论文。
这四个学科的四本期刊上的论文权重为其他论文的1/5。
排名时，会综合考虑上述指标，并根据各机构在一定时间内的论文发表数量及类别来进行排名和期刊索引。
最新的自然指数排名（统计时间节点为2023.9.1-2024.8.31）显示，哈佛大学位居全球高校第1，中国科学技术大学位居全球高校第2。中国内地高校前10名包括中国科学技术大学、北京大学、浙江大学等。