根据教育部公布的第四轮学科评估结果以及多个权威排名机构的数据，国内软件工程专业最好的大学如下：
北京航空航天大学：
在多个软件工程专业排名中均位列前十名，且在第四轮学科评估中获评A+，其软件工程专业注重培养学生的系统设计和开发能力，尤其在嵌入式系统、航空航天软件等方面教学经验独特。
浙江大学：
在多个软件工程专业排名中均位列前五名，其软件工程专业实力强劲，注重培养学生的创新思维和实践能力，在人工智能、大数据处理等领域有独特的教学优势。
国防科技大学：
作为军事院校，其软件工程专业注重培养学生的系统设计和安全防，在多个权威排名中均表现优异。
清华大学：
在多个软件工程专业排名中均位列第一，拥有雄厚的师资力量和先进的教学设施，科研成果丰硕，毕业生就业前景广阔。
北京大学：
通常位列软件工程专业排名前列，依托其强大的计算机科学基础，注重理论与实践相结合，培养了大量优秀的软件工程人才。
南京大学：
在多个软件工程专业排名中均位列前五名或前十名，注重理论与实践的结合，拥有多个国家级科研项目和实验室，为学生提供了良好的学习和科研环境。
上海交通大学：
在多个软件工程专业排名中均位列前十名，拥有高水平的师资队伍和科研平台，注重培养学生的创新思维和工程实践能力。
哈尔滨工业大学：
软件工程学科实力雄厚，竞争相对较小，录取比例较高，注重与国际接轨，与众多国际知名高校和科研机构建立了合作关系。
这些大学在软件工程专业的教学、科研和就业方面均表现出色，建议根据个人兴趣、学术目标和职业规划，选择最适合自己的学校。